多疾病模型基因数据库十年坎坷,从过时到机遇

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小鼠是科学实验室中最为常见的模型。一般情况表下,实验小鼠最终都难逃一死。如今,科学家开发了三个小多 富含10种疾病模型的小鼠基因活动的强度数据库,该数据库可不后能 显著减少全球小鼠的使用。

该研究发表在《Nature Communications》杂志上,并可通过在线程序获得。什儿 数据库富含了超过4.15万个基因,还能在患有十种不同疾病的小鼠血液中显示出次责小鼠基因的活性。

十年坎坷,从过时到机遇

什儿 数据库项目刚刚现在现在开始2009年刚刚刚现在现在开始采样,并计划在2015年通过微阵列的技术对肺和血液样本中的基因活性进行检测分析。然而,因此试剂和设备的原因分析项目一度陷入了停滞。此时,正值RNA-Seq技术上市。什儿 技术为量化基因活性提供了一种更好的最好的法律方法,除理了研究人员苦于寻求因此 检测最好的法律方法的困境,数据库项目也从2016年底刚刚刚现在现在开始重新推进。至2018年,该研究团队因此拥有了所需的所有测序数据。

在挂接了大量的数据后,研究团队在生物信息学博士后Akul Singhania的带领下建了三个小多 个“模块”。亲戚朋友利用先进的生物信息学技术,将数千个基因和数百万个数据点聚集成三个小多 可视化形式。此外研究人员还创建了相关程序,让该人 都可不后能 访问那此数据。

基因活动与身体免疫反应

任何免疫反应都涉及数千个基因。基因活动可不后能 向亲戚朋友展示身体对感染和过敏原的反应。而基因可不后能 将其DNA转录成RNA不能发挥功能,因此分析RNA可不后能 揭示每个基因在感染或过敏原刺激后的活跃程度。在数据库项目过程中,研究人员分析了与那此疾病相关的基因行态,以帮助理解免疫反应,并用数据库模块代表同時 调节的基因簇,用以注释它们的功能和已知的生理作用。

这类,在38个肺模块中,有三个小多 模块与过敏有关,仅在过敏模型中可见,它富含200多个基因。另三个小多 模块与T细胞有关,富含200多个基因。通过对肺组织和血液进行测序,亲戚朋友可不后能 看过血液中的免疫反应怎么后能 反映肺部的局部反应,反之亦然。

对于大多数疾病而言,医生实际上都无法获得肺部组织样本,而什儿 最好的法律方法不能帮助亲戚朋友从血液的遗传学行态中找到线索。通过数据库,研究人员不能查找与小鼠肺部和血液感染中的病原同時 体相关的基因活性。像是弓形虫、流感病毒、唿吸道合胞病毒、白色念珠菌、屋尘螨等。

此外研究人员在肺中发现了一系列广泛的免疫反应,其中离散的模块由与I型或II型干扰素、IL-17或过敏反应相关的基因控制。已知I型干扰素对病毒的反应是释放,而II型干扰素(IFN-γ)激活吞噬细胞杀死细胞内病原体,IL-17吸引中性粒细胞引起早期炎症性免疫反应。有趣的是,干扰素基因行态在血液模块中与肺这类,但IL-17和过敏反应则不然。

因此什儿 程序不能得到推广,那将为无数小白鼠带来希望,同時 也减少了实验室运营成本,提高了检测的精准性。

腾讯云数据库市场份额增速达123%,位列国内数据库厂商榜首

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来源:生物探索

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